Kegiatan membaca Qur’an dilakukan setiap pagi mulai pukul 07.00 hingga pukul 08.00 WIB. Hal ini dilakukan untuk membiasakan membaca Qur’an, selain itu juga memberikan pembelajaran Baca al-Qur’an. Kegiatan ini diikuti oleh seluruh siswa dan dibimbing oleh seluruh guru SD Muhammadiyah Slawi. Bagi siswa yang masih tahap belajar membaca akan dilakukan pembelajaran dengan metode Iqra (Jilid 1-6), sedangkan siswa yang sudah mampu membaca Qur’an akan dibimbing dalam perbaikan bacaan (Tahsin al-Qur’an).