Musholla yang dimilki oleh SD Muhammadiyah Slawi digunakan untuk laboratorium pendidikan agama Islam dan pelaksanaan praktik ibadah anak, baik sholat Dhuha berjama’ah, sholat Jum’at, maupun kegiatan tadarus. Musholla ini juga bisa beralih fungsi untuk ruang pertemuan jika dibutuhkan. Dengan luas ruangan 78 m2 dapat menampung hingga 150 anak. Dengan adanya fasilitas ini, anak diharapkan akan lebih tekun dalam beribadah di sekolah.